Program Magister PAI bertujuan untuk menghasilkan lulusan yang memiliki pengetahuan mendalam tentang pendidikan agama Islam, serta keterampilan dalam mengembangkan dan mengimplementasikan kurikulum pendidikan agama Islam yang efektif.
Program Magister Manajemen Pendidikan Islam bertujuan untuk menghasilkan lulusan yang memiliki pengetahuan dan keterampilan dalam mengelola lembaga pendidikan Islam, serta mampu mengembangkan strategi dan kebijakan pendidikan yang efektif.
Program Magister Hukum Keluarga Islam bertujuan untuk menghasilkan lulusan yang memiliki pengetahuan mendalam tentang hukum keluarga Islam, serta keterampilan dalam menganalisis dan menyelesaikan masalah hukum keluarga Islam.
Program Magister Pengembangan Masyarakat Islam bertujuan untuk menghasilkan lulusan yang memiliki pengetahuan dan keterampilan dalam mengembangkan masyarakat Islam yang berbasis pada nilai-nilai Islam dan kebutuhan masyarakat.
Program Magister Ekonomi Syariah bertujuan untuk menghasilkan lulusan yang memiliki pengetahuan mendalam tentang ekonomi syariah, serta keterampilan dalam menganalisis dan mengembangkan kebijakan ekonomi syariah.
Program Magister Studi Sejarah Peradaban Islam bertujuan untuk menghasilkan lulusan yang memiliki pengetahuan mendalam tentang sejarah dan perkembangan peradaban Islam, serta kemampuan menganalisis dan memahami konteks sejarah dalam perspektif Islam.
Program Doktor PAI bertujuan untuk menghasilkan lulusan yang memiliki pengetahuan mendalam dan keterampilan dalam mengembangkan pendidikan agama Islam, serta mampu melakukan penelitian dan pengembangan dalam bidang ini.
Program Doktor Ekonomi Syariah bertujuan untuk menghasilkan lulusan yang memiliki pengetahuan mendalam dan keterampilan dalam mengembangkan ekonomi syariah, serta mampu melakukan penelitian dan pengembangan dalam bidang ini.
Program Doktor Hukum Keluarga Islam bertujuan untuk menghasilkan lulusan yang memiliki pengetahuan mendalam dan keterampilan dalam mengembangkan hukum keluarga Islam, serta mampu melakukan penelitian dan pengembangan dalam bidang ini.
Program Magister PJJ Pendidikan Agama Islam S2 bertujuan untuk menghasilkan lulusan yang memiliki kompetensi akademik unggul dan kemampuan riset dalam pengembangan pendidikan agama Islam di era global.